发酵菌和非发酵菌的主要区别在于能否进行无氧降解，能不能利用糖。简单来说发酵菌能进行无氧降解可以利用糖，而非发酵菌需要氧参加不能利用糖。
非发酵菌包括哪些
非发酵菌类型是革兰阴性杆菌，属于假单胞菌属。简单来说不发酵葡萄糖的革兰阴性杆菌称为非发酵菌。例如：鲍曼不动杆菌、铜绿假单胞菌、伯克霍尔德菌、黄杆菌、嗜麦芽窄食单胞菌等。
大部分的非发酵菌能广泛存在于水、空气和土壤中，且对抗生素有多重耐药性，能引起人的各种感染。
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